II Museo Archeologico Nazionale di Paestum nasce nel 1952, con l’obiettivo di esporre i materiali rinvenuti nel corso degli scavi di Paestum (di fronte al museo) e il ciclo delle metope arcaiche e gli altri materiali provenienti dall’Heraion – il tempio di Hera Argiva – edificato dai coloni greci alla foce del Sele.
La realizzazione avviene sulla base di un progetto, concepito già nel 1938, dell’architetto M. De Vita. Questo primo nucleo espositivo risulta presto insufficiente a contenere i sempre più numerosi reperti via via riportati alla luce. Viene così realizzata una nuova grande sala, progettata dall’architetto E. De Felice, il quale predispone anche una serie di vani che si sviluppano intorno a un giardino ed ampie vetrate, che si aprono verso i monti di Capaccio.
Nel 1970 la struttura viene ulteriormente ampliata per ospitare le tombe dipinte di età lucana rinvenute a Paestum due anni prima.
Nel 1999 si aprono nuovi spazi espositivi, con un settore dedicato alla vita romana di Paestum.
La nuova struttura del Museo comprende una sala didattica, con annessa aula di proiezioni, un laboratorio fotografico, uno per i disegni e uno per il restauro, un deposito e un archivio.